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http://ciad.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1006/1298| CARACTERIZACIÓN GENÓMICA Y TRANSCRIPTÓMICA DE Skiffia lermae Y ESPECIES FILOGENÉTICAMENTE CERCANAS (Goodeinae) | |
| ANA GRACIELA CARVAJAL PERAZA | |
| BEATRIZ YAÑEZ RIVERA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| Una de las familias de peces con mayor endemismo en México es Goodeidae, cuya subfamilia Goodeinae es endémica en su totalidad. Las especies que la conforman presentan viviparismo matrotrófico, condición en la que los embriones presentan un análogo placentario llamado trofotenia que funciona como placenta. Esta subfamilia se considera vulnerable debido a que en 20 años desapareció al menos una especie en la mayoría de sus hábitats (68%) y la distribución de otras cinco se redujo a la mitad. Las causas se relacionan con la contaminación y reducción de los cuerpos de agua por vertimiento de desperdicios domésticos e industriales, deforestación de la cuenca, modificación del hábitat, introducción de especies exóticas y la sobre pesca. En la subfamilia Goodeinae, la mayor parte de la información genética se ha dirigido a entender las relaciones filogenéticas, los patrones biogeográficos y de distribución, así como los aspectos reproductivos. Sin embargo, no se cuenta con datos genómicos de ninguna especie de goodeido, información clave para las estrategias de conservación; ya que permite la evaluación de posibles ventajas adaptativas lo que facilita el éxito de los programas de reintroducción y preservación. Se seleccionaron las cuatro especies del género Skiffia (donde S. lermae destaca por ser una especie amenazada con algunas poblaciones estables) y a Girardinichthys viviparus, ya que son representativas de las reducciones poblacionales de la subfamilia. El objetivo del trabajo es la caracterización genómica de S. lermae mediante una aproximación híbrida y el análisis de la presión de selección en genes particulares de cinco especies cercanas con modelos de sustitución de codones. Para S. lermae se construyó el mitogenoma completo con una longitud de 16,551 bases y un genoma contiguo de 400 Mb en 8,150 contigs y un contig N50 de 54.7 kb; sin embargo, está incompleto (<40%), porque representa solo un tercio de su magnitud estimada. Se ensambló el transcriptoma de siete tejidos de un ejemplar adulto y una larva completa (>90% de completitud). Se ensamblaron transcriptomas de hígado de S. bilineata, S. francesae, S. multipunctata y G. viviparus con calidad de borrador (<60%), lo que permitió la identificación de patrones de selección divergente en los siguientes ortólogos: CYP450, CYP51, HSP90A, HSPB8, NOX1, PIK3R1, PXR, PPAR, SERT, ATP7B y ERB1. | |
| 11-01-2022 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| BIOLOGÍA Y QUÍMICA | |
| Aparece en las colecciones: | TESIS DE MAESTRÍA EN CIENCIAS. |
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