Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem:
http://ciad.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1006/1543| ANÁLISIS PANGENÓMICO DEL PROTOZOARIO Cyclospora cayetanensis PARA LA IDENTIFICACIÓN DE MARCADORES NUCLEARES | |
| GUADALUPE ESTEFANIA ALARCON FABELA | |
| NOHELIA CASTRO DEL CAMPO - | |
| Acceso Abierto - openAccess | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| - - | |
| MICROBIOLOGIA - RNCTIMX - MICROBIOLOGIA | |
| El protozoario Cyclospora cayetanensis es reconocido mundialmente como agente causal de diversos brotes diarreicos, vinculados al consumo de alimentos contaminados. En países como Estados Unidos, el rastreo de la fuente de contaminación microbiológica durante las investigaciones epidemiológicas ha llegado a vincular principalmente alimentos importados de México. Sin embargo, se carece de un método de tipificación contundente para C. cayetanensis que complemente las investigaciones epidemiológicas. Esto se debe especialmente a la falta de marcadores moleculares con un alto poder de resolución que permita discriminar entre cepas durante la aparición de los brotes. Por este motivo, el objetivo del presente trabajo fue analizar el pangenoma de C. cayetanensis de diferentes regiones geográficas, así como aislados asociados con México, partiendo del análisis de secuencias genómicas reportadas en bases de datos en búsqueda de potenciales marcadores nucleares que permitan la subtipificación de la especie. Para ello, se generaron dos bases de datos de secuencias genómicas descargadas del NCBI: una de microorganismos Apicomplexa y otra de C. cayetanensis. Se utilizaron los softwares GET_HOMOLOGUES/-EST y GET_PHYLOMARKERS para el análisis del pangenoma, genoma core y establecer la filogenia. Como resultados se obtuvieron dos marcadores (una Proteína de clasificación de proteínas vacuolares y una proteína de translocación) como óptimos para establecer la filogenia, observando que el género Cyclospora forma su propio clado; mientras que en el análisis de su pangenoma mostró 656 genes únicos. En cuanto a la base de datos de C. cayetanensis, se seleccionaron 36 secuencias que compartían 2,297 genes como genoma core, optando por 47 de estos genes para establecer el árbol filogenético. La visualización de la filogenia expuso tres agrupaciones por origen geográfico; en particular, siete secuencias relacionadas a México se encontraron dispersas en el árbol sin un perfil único de agrupación. En cuanto a la estimación del pangenoma de C. cayetanensis, este revela que el pangenoma es abierto, por lo que es necesario aumentar las secuencias de la especie para una caracterización representativa. Respecto a la identificación de genes únicos, se realizaron comparaciones del contenido de una secuencia de México con diferentes agrupaciones según el origen geográfico, obteniendo de 53 a 6 genes únicos. - Otro | |
| GUADALUPE ESTEFANIA ALARCON FABELA | |
| 2020 | |
| MICROBIOLOGÍA - 1314 - 310905 | |
| Otros - OTROS | |
| Aparece en las colecciones: | TESIS DE MAESTRÍA EN CIENCIAS. |
Cargar archivos:
| Fichero | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|
| Guadalupe Estefanía Alarcón Fabela.pdf | 1.76 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |