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http://ciad.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1006/1334| DETECCIÓN DE UNIDADES TAXONÓMICAS OPERACIONALES EMPLEANDO CEBADORES DISEÑADOS A PARTIR DE FRAGMENTOS CON ALTO GRADO DE CONSERVACIÓN DEL ARNr 16S | |
| Rocío Aracely Valenzuela Gutiérrez | |
| Marcel Martínez Porchas | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| Las regiones conservadas que facilitan el diseño de cebadores para la amplificación del ARNr 16S, cuya secuencia es utilizada en la clasificación taxonómica de bacterias, presentan ciertas posiciones cuya variación es muy baja. La identificación y utilización de estas zonas para el diseño de nuevos cebadores, incrementaría la cobertura de secuencias bacterianas en estudios de diversidad bacteriana. El objetivo de este trabajo es detectar un mayor número de secuencias bacterianas empleando estos nuevos cebadores. Para ello, se diseñaron cebadores a partir de los fragmentos con alto grado de conservación para la amplificación de las regiones variables 3-4 y 7-9 del ARNr 16S y se evaluaron in silico utilizando la base de datos SILVA, e in vitro utilizándolos en secuenciación de muestras biológicas (agua de mar, saliva y suelo agrícola). Se obtuvieron en total seis pares de cebadores, cuatro para la amplificación de las regiones V3-V4 y dos para las regiones V7-V9. Presentando coberturas de secuencias entre 80% y 60%, respectivamente y especificidades del 100%. Todos los cebadores para las regiones V3-V4 detectaron en promedio 459,796 secuencias y entre 60 y 65 filos y los cebadores para las regiones V7-V9 detectaron 159,900 de secuencias y entre 74 y 75 filos de bacterias. En el análisis in vitro, los cebadores para la amplificación de las regiones V3-V4, registraron una detección de filos bacterianos similar entre ellos, así como con respecto a los cebadores reportados por Klindworth y col. Los cebadores para la amplificación de las regiones V7-V9, mostraron similitud en cuanto a comunidades bacterianas. En general los pares de cebadores detectaron 25 filos bacterianos. Los cebadores propuestos para la amplificación de las regiones V3-V4, mostraron una buena capacidad de detección de OTU´s y además lograron detectar los filos Acidobacteria, Verrucomicrobia y Plancomycetes. Los cebadores propuestos para la amplificación de las regiones V7-V9 fueron los únicos en detectar filos poco estudiados como Deferribacteres, Deinococcus- Thermus y Candidatus poribacteria. Los cebadores propuestos demostraron ser fiables, por lo que sería recomendable, su utilización en estudios de diversidad bacteriana. | |
| 30-08-2018 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA | |
| Aparece en las colecciones: | TESIS DE MAESTRÍA EN CIENCIAS. |
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